El Museo de Historia Natural es una institución académica que pertenece a la Universidad Nacional Mayor de San Marcos de Lima, encargada de colectar, investigar y exhibir organismos y muestras representativas del patrimonio natural del Perú y de la humanidad en lo referente a flora, fauna y gea, con el fin de generar conocimiento científico e impartirlo a todo nivel. Los ejemplares de tales muestras se estudian, conservan y custodian en el Museo, formando Colecciones Científicas Especializadas.
El Museo de Historia Natural fue fundado el 28 de febrero de 1918 en sesión extraordinaria de la Facultad de Ciencias de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, la cual estuvo presidida por el Dr. Enrique Guzmán y Valle, y que contó con la presencia del rector de la universidad, el Dr.Javier Prado, y del promotor principal, el Dr. Carlos Rospigliosi Vigil. En la sesión se reconoció la destacada labor emprendida un año antes por el Dr. Carlos Rospigliosi para gestionar y promover la creación de un museo de historia natural de Lima, por lo que se le nombró "Director y Fundador del Museo de Historia Natural".
El Museo cuenta con varias salas de exhibición, así como un auditorio; brinda además servicios de asesoría y diagnóstico sobre temas relacionados al ámbito natural, al mismo tiempo busca promover la protección y conservación natural del Perú por medio de su patronato. Cuenta con una biblioteca especializada, además realiza publicaciones especializadas de manera continua.